宝宝长期服用制霉菌素可能会产生一些副作用，包括但不限于消化道症状、过敏性皮疹、低血钾、肾功能损害和肝功能损害等。由于制霉菌素的剂量较小，外用也可用于新生儿，但疗程通常较短，很难完全治愈鹅口疮等疾病。因此，建议在医生的指导下给宝宝使用制霉菌素，并按照剂量和疗程进行用药，避免长期或过量使用。同时，家长要注意观察宝宝的症状，如出现严重副作用应及时就医。