服紧急避孕药之后，阴道有褐色分泌物，主要是由于紧急避孕药属于高效孕激素，口服之后会使子宫内膜出现异常增厚。当停药之后，子宫内膜失去了外源性孕激素的支撑，就会出现脱落现象，所以就会有少量的褐色分泌物，主要是避孕药的副作用所引起的。