自然流产后三周怀孕很可能会出现宫腔中的细菌感染，引起腹膜炎、败血症等情况。其次，还容易发生大量的失血，严重的话会导致患者休克。而且有可能引起胎儿的胎盘息肉和急性肾功能衰竭，因此在人流后最好及时前往那医院检查，确定是什么原因导致了自然流产，并且在自然流产后的近段时间内同房注意做好避孕措施，待身体恢复。