如果只是在显微镜下发现了阴道念珠菌菌丝，没有任何的不适反应，并不需要进行任何处理。一般情况下，可以通过外用药膏来进行调理，但由于念珠菌性阴道炎的病情不同，治疗方法也不尽相同。如病人为复杂的念珠菌感染，一般需用药物超过2个疗程。妊娠期间有念珠菌感染，可以使用少量的外用药物，这样会更保险一些。
女性复发型的阴道念珠菌感染一般一年发生4次或4次。