月经不调右侧卵巢囊肿可以通过药物治疗、手术治疗等方法进行治疗。
如果右卵巢囊肿比较少，不需要做外科手术，可以在医生的指导下服用短期的避孕药。炎症性囊肿可以通过服用一些活血化瘀的中药来进行调理。一般在卵巢囊肿治愈后，女性经期不规律是可以自行恢复的。
当卵巢囊肿的大小超过5cm，或囊肿的增长速度快时，需要住院进行外科切除病变，主要是通过腹腔镜进行手术。