通常手术是尿道下裂的首选方法，
尿道下裂患者通常建议在18个月左右开始手术治疗，对于阴茎发育不良的患者，外科手术之外还可以使用药物进行辅助治疗，比如用绒毛膜促性腺激素等。如果伴有阴茎发育短小、阴囊分裂、阴茎弯曲等症状，可以通过阴茎增粗、阴茎延长、阴囊分裂纠正、阴茎矫直等方式进行治疗。
此外，患者应该注意局部的清洁卫生，有助于促进术后恢复。