常见的临床表现为痛经、慢性盆腔痛、月经异常，不孕，以及性交疼痛。
如果是子宫内膜移入到了膀胱，则会有周期性的尿频、尿痛、血尿等症状。子宫内膜异位在腹部有伤疤，会有周期性的局部肿块和痛苦。胃肠型的子宫内膜异位症会出现腹痛、腹泻、便秘等症状，还有周期性的、少量的便血，当异位内膜侵入或挤压输尿管时，会出现一侧的腰部疼痛、血尿等症状。