月经刚结束时发生肚子痛，很可能是因为盆腔炎症引起，发生盆腔炎时可表现为下腹痛，如炎症较严重，痛苦也就渐渐增加，甚至对胃肠道产生刺激作用，表现为恶心，呕吐和腹泻等。如果发生了输卵管妊娠和异位妊娠的话，肚子也会痛得厉害。如有子宫肌瘤，还可能导致肚子痛等病症，此外还有其他疾病，如急性阑尾炎等都可以引发肚子疼的问题。
针对不同病因进行对症处理，从而达到根治的目的，肚子痛才能消失。