月经没有完全干净同房有细菌感染的影响。具体情况分析如下：
如果在月经还没有彻底干净的时候有性生活是有一定的副作用的。首先是因为性生活的刺激，会影响到子宫内膜的修复，造成月经淋漓不止，还会导致细菌感染宫腔，从而引发子宫内膜炎症。严重时，脱落的子宫内膜会顺着输卵管进入卵巢和腹腔，从而引起子宫内膜异位症。因此，在月经干净三天之后才可以进行