巧克力囊肿微创手术是在腹腔镜下做的手术。全身麻醉成功后，在腹部打3-4个小孔，约0.5-1.5公分，充入二氧化碳气体，再行手术治疗。手术的方式是因年纪、症状、有无生育要求、内异症分期等来综合考虑的，分为保留生育功能手术、保留卵巢功能手术。手术结束后，再放掉充入的气体。