盆腔囊肿和卵巢囊肿的区别在于：卵巢囊肿属于盆腔囊肿的一种，但盆腔囊肿不一定是卵巢囊肿。卵巢位于盆腔内，发生于卵巢的囊肿属于卵巢囊肿，也属于盆腔囊肿。如果病理性的卵巢囊肿不及时治疗，有可能导致卵巢的排卵功能异常，影响正常的生育功能。