巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种病变，对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小甚至完全消失；而对于若症状较重，经药物治疗效果不明显或者较大的则以手术治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。不过经保守手术治疗还是有可能复发的。