巧克力囊肿在临床上很多都会导致进行性加重的痛经，并且在做妇科检查的时候会发现下腹部一侧有包块，B超检查会发现卵巢上的囊肿，并且有人会表现为性生活的时候下腹部疼痛。在日常生活中，也会出现下腹部隐痛的情况。在临床上还常常造成病人不孕不育的临床表现。