卵巢巧克力囊肿通常是可以治好，但是在治好以后有可能再次复发。尤其是双侧卵巢巧克力囊肿，而且囊肿又比较大的时候，即使是行腹腔镜手术将囊肿切除，在手术后半年以上有可能再次出现巧克力囊肿。这可能是由于异位的内膜，在手术的时候没有彻底剥离干净，而在手术后卵巢又会分泌雌孕激素，所以就会导致异位病灶再次复发。