卵巢巧克力囊肿和腺肌症相比腺肌症更严重一些，腺肌症是子宫内膜异位到子宫肌层上形成的一种病症，属于内在性子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。