卵巢巧克力囊肿手术后有可能会复发，因为巧克力囊肿本身就是由于子宫内膜异位在卵巢，并且周期性的出血才形成囊肿，手术后具有活性的子宫内膜细胞很可能随着月经周期再出血，就会导致复发，卵巢巧克力囊肿术后的病人，用药时间为半年左右，是避免复发的可能性，卵巢巧克力囊肿术后的病人，要定期复查B超，每半年做一次B超检查，了解盆腔内是否有复发的病灶。