巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻病人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。