卵巢子宫内膜异位囊肿治疗要根据年龄、症状、病变程度及对生育要求等情况予以综合考虑。分药物治疗和手术疗两种方法。手术治疗经腹腔镜或B超下卵巢囊肿穿刺抽液及无水酒精囊内注射术方法；经腹腔或腹腔镜行保留生育功能的手术包括卵巢囊肿剥离、成形术，卵巢切除术，病灶电灼术，粘连分解术等；保留卵巢功能的手术切除子宫及盆腔病灶，保留一侧或部分卵巢功能；也可以手术切除全子宫及双附件盆腔。