手术治疗，很多明确是巧克力囊肿的人，可以通过腹腔镜或者开腹的手术，进行巧克力囊肿的切除；药物治疗，药物治疗主要是通过调节体内的激素水平，控制月经，从而使囊肿变小。不管是哪种方式治疗囊肿，术后都要继续复查，因为巧克力囊肿有复发的可能。