治疗应采用如下方法。手术治疗：卵巢上发生的巧克力囊肿，病变体积往往较大，发生在其他部位的子宫内膜异位结节，直径在2厘米以上者，不易用药物控制，要把它切开，把里面的这个囊肿剥掉。假绝经疗法：使用促性腺激素释放的药物，强烈地抑制卵巢的功能，使其几乎完全失去作用，从而达到治疗目的。