一、内分泌因素：是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。二、生理原因：由于内膜在女性卵巢生长，在生理期时内膜并不随着离开，而是在卵巢位置淤积，使卵巢位置出现囊肿。三、分娩、多次流产等：巧克力囊肿是由于月经期子宫内膜碎片引流不畅导致的，影响月经血从阴道流出，包括多次人工流产后子宫颈口粘连、月经期性交等，都会促发巧克力囊肿。