巧克力囊肿初期治疗方法有很多，如期待治疗，手术治疗，药物治疗和怀孕。对于巧克力囊肿小的，可进行期待治疗。即采取定期随访，并给予治疗轻微经期腹痛的非甾体抗炎镇痛药，如果体积大的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。术后联合药物治疗预防复发，改善不孕。目前认为腹腔镜确诊、手术+药物治疗为巧克力囊肿的金标准治疗。