药物疗法，有一小部分器质性(非精神性)的性功能障碍可以运用药物疗法，但是药物治疗，对病人容易产生副作用。因为药物治疗法，经常使用性激素、抗抑郁剂、抗焦虑剂等，其目的是帮助病人消除某些抑郁、焦虑等不适症状和减少异常性冲动机会，防止产生不良后果。但是性功能障碍单凭药物治疗难以痊愈，多做为一种辅助治疗。