女性的阴道毛滴虫多寄生于阴道、尿道、前庭大腺及膀胱。前庭大腺受累者罕见。阴道毛滴虫可以寄生在人体内而不引起临床症候。某些细菌可诱致滴虫活跃而产生症状，但体内抗体又可以直接或间接传播，主要通过浴池、浴具、游泳池、或未彻底消毒的医疗器械等途径间接传播。