子宫内膜异位症的病因和发病机制目前尚不明确，主要是经血逆流学说及组织再分化，经血逆流学说即异位种植学说，就是子宫内膜组织随月经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植在卵巢和邻近的盆腔腹膜，并在该处继续生长、蔓延；组织分化指盆腔或卵巢组织上培养组织，在生长过程中出现分化错误，此外，子宫内膜异位症可能还和遗传、免疫、炎症及其它因素有关。