巧克力囊肿不及时治疗的情况下会发生癌变，但是癌变的几率很低。巧克力囊肿一般属于良性疾病，但是也有可能是恶性。一般的良性巧克力囊肿及时做手术切除后就可以治疗，比较小的巧克力囊肿不需要做任何治疗，而恶性巧克力囊肿在不及时治疗的情况下有可能破裂引起癌变。