巧克力囊肿会出现腹膜炎、不孕、急腹症、性交痛以及痛经的情况。巧克力囊肿的痛经一般是继发性的，逐渐加重。然而，少数没有明显的疼痛。主要原因是异位的子宫内膜受卵巢激素的影响，与正常子宫内膜发生相同的周期变化。月经后半期，异位子宫内膜增厚会造成充血，导致肿瘤内子宫内膜异位症的压力增大，因此月经时囊袋的血堆积，使囊壁应力在一定程度上增加并引起疼痛。