卵巢子宫内膜异位囊肿的恶变率很低，子宫内膜异位症的恶变类型以卵巢子宫内膜样癌、透明细胞癌的组织学类型为多见。恶变的发生机制尚未明了，与遗传等有关，其本质就是个分子事件，由其本身生物学特性决定。尚未发现卵巢子宫内膜异位囊肿的恶变与年龄有明显的相关性。任何年龄段都有卵巢子宫内膜异位囊肿恶变的报道。