子宫内膜薄有两方面原因：其一，卵巢功能减退，不能成功排卵，也就不能合成充足的生殖激素—雌激素和孕激素，促进子宫内膜进一步生长呈分泌期改变，导致子宫内膜菲薄。其二，子宫内膜病变，如手术、炎症导致的创伤，使子宫内膜上皮细胞被纤维结缔组织替代，不能形成完整的内膜，且不能接受生殖激素的刺激而正常生长，故内膜菲薄。