巧克力囊肿最主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产也可引起，输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。内分泌因素、炎症因素（患有盆腔炎等疾病并且出现了盆腔粘连的情况，没有得到及时地治疗，造成大量的积血淤积）子宫内膜因素（脱落的子宫内膜随经血逆流进入腹腔）压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因，治疗该病一般选择手术治疗，术后配合药物治疗。