巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位。其发病原因可能是经血逆流。有的子宫内膜异位症，没有任何症状，但大多都会表现为下腹痛和痛经，不孕，性生活不适，月经异常和子宫内膜异位囊肿，子宫内膜异位囊肿就是卵巢巧克力囊肿。