最重要的是遗传因素。多囊卵巢有家族聚集性，与遗传相关，是常染色体显性遗传，或性染色体连锁显性遗传，或基因病变引起的疾病；环境因素：高雄激素会导致多囊卵巢综合征证候群。雌激素或雄激素的环境化合物如双酚A或二恶英等，会导致月经不调、不孕、多卵泡、高雄激素的症状。有学者发现部分药物，可能会导致睾酮及肥胖胰岛素明显升高。