巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性。所以发现巧克力囊肿后，一般都会查CA125、CA199这两个肿瘤指标，假如肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大时，则怀疑恶变，必须尽快手术。但如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。