巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。