其病理病因目前尚不清楚，可能与内分泌失衡有关，女性内分泌不协调就会导致体内雌激素和雄激素不能正常分泌，但这并不一定会导致卵巢巧克力囊肿，子宫内膜异位到卵巢的同时，还受激素影响逐渐增厚，这便有可能形成卵巢巧克力囊肿。也有的认为流产、打胎有可能会引发此类疾病。