短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿。恶性巧克力囊肿病人有腹痛、腰痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，下肢可能会肿胀。如果是功能性肿瘤，就会出现相应的或高雄激素性巧克力囊肿的症状。恶性巧克力囊肿也可能发生在女性卵巢，但其症状与巧克力囊肿不同。右下腹疼痛也应与囊肿或其他常见的妇科疾病如盆腔炎性疾病区分开来。