巧克力囊肿是卵巢的，子宫肌瘤是子宫的。子宫肌瘤长在子宫体上，一般不会癌变，会随着闭经后子宫的萎缩而萎缩。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一个表现，子宫内膜异位症在子宫体上称为子宫腺肌症或腺肌瘤，在卵巢上则称为巧克力囊肿。巧克力囊肿不会癌变。