卵巢巧克力囊肿可采用药物或手术治疗。无论是药物治疗，抑或保守性乎术，均有相当高的复发率。无症状的轻微病变选用期待治疗，有生育要求的轻度病人，明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术，年轻但无生育要求的重症病人，可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。