巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，子宫的异位内膜附着于卵巢上就形成这种巧克力囊肿，腹腔镜治疗巧克力囊肿，多数会造成复发.主要是由于囊肿与卵巢及周围组织粘连紧密，术中可能会将一侧卵巢一并切除．巧克力囊肿的囊壁是周围纤维组织包裹而成，壁薄厚不均，质硬而脆，较薄处如同一层窗户纸一样，手术中囊肿极易破裂，再者腹腔镜手术不可能将囊肿完整取出，囊液流入腹腔，就会造成复发，如再度手术，难度更大，复发率也更高。