卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，如果早期诊断、及时接受治疗，大多数是可以治好的。巧克力囊肿的治疗有手术治疗和药物治疗两种。对于有生育要求及无卵巢囊肿形成，又没有明显严重痛经的病人，可以考虑口服药物来进行治疗，通过调节体内的激素水平，控制月经。对卵巢形成明确囊肿者，应直接行腹腔镜手术切除囊肿。不管是哪种方式治疗囊肿，术后都要继续复查，因为巧克力囊肿有复发的可能。