子宫内膜异位症主要表现为疼痛：痛经、盆腔痛、性交痛、下腹痛。其中最重要的是进行性痛经加重，即月经来潮的最初几年没有痛经，后来才慢慢出现痛经，而且痛经的程度越来越严重。另外由于异位的内膜也会和子宫内膜一样随着月经周期发生出血，因此局部可形成结节、纤维结缔组织增生等病症，检查时常可见到子宫直肠间隔有痛性结节，盆腔有境界不清的粘连性包块。