绝大多数的宫颈囊肿都是生理性变化，主要是指新生的鳞状上皮，在取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮，覆盖子宫颈腺管口，或者伸入到腺管内，导致腺管堵塞，引起腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿，或者是由于子宫颈局部损伤，以及慢性的炎症使腺管口狭窄，也可能导致宫颈囊肿的形成。无论是哪种原因导致的宫颈囊肿，不会自己好的。