巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。