子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管将腺管堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。另外，子宫颈局部损伤或者慢性炎症使腺管狭窄也可导致子宫颈腺囊肿形成。一般没有症状的腺囊肿可以不用处理，如果有白带增多等可以局部用药。