巧克力囊肿和子宫内膜异位症是不一样的。子宫内膜异位症是一种妇科疾病主要是由于生长在子宫腔以外的身体其它部位子宫内膜引起的一种病变。而巧克力囊肿主要是发生在卵巢上面，一般巧克力囊肿如果不是特别大的就不需要治疗，有的也会随着月经的来潮而逐渐消失。