多囊卵巢综合症可能是天生的，但也可能是后天其他原因导致的。在多囊卵巢综合症的病因中，遗传因素是很关键的一个原因，很多多囊卵巢综合症的病人存在少数有染色体异常，细胞遗传学研究结果显示多囊卵巢综合症可能为X连锁隐性遗传、常染色体显性遗传或多基因遗传方式。