生长在卵巢的巧克力囊肿，囊壁常常很糟脆，在手术分离过程中，几乎没有不发生破裂的。这一特点提示巧克力囊肿可能具有一种自发破裂的倾向，实际情况也是如此。囊肿破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如果破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。