宫颈囊肿绝大部分是宫颈的生理性变化，是宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口，使腺管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻形成囊肿。如果宫颈局部损伤或者宫颈慢性炎症，也容易使腺管口堵塞，导致子宫颈腺囊肿形成。