怀孕3个月自然流产有一定的原因，怀孕3个月还属于早期流产，引起早期流产的原因比较多，胚胎停止发育有的是胚胎本身发育不好，自然死亡，有的是激素不足以支持胚胎发育，造成死亡.或宫腔畸型使胚胎无法生长.一些疾病如糖尿病，甲亢等也会使胚胎停止发育.造成胚胎发育异常的原因有遗传因素，有无感染，是否接触放射性物质，有毒的化学制剂，是否吃了孕期禁忌的药物，高温，过度受刺激等。