子宫内膜异位症的病因像其他许多疾病一样，至今不明。主要的学说及发病因素有：异位种植学说，即随经血逆流，种植于盆腔任何部位，也可通过淋巴或者静脉向远处播散。化生学说即体腔上皮受激素或生化刺激转化为子宫内膜样组织。诱导学说即未分化腹膜组织转化为子宫内膜组织。遗传因素免疫与炎症因素与该病发生有关。